Многолетнее травянистое растение с ползучим корневищем и прямым стеблем, высотой 50—60 см, усаженным редкими щетинистыми волосками. Листья сидячие, ланцетные или продолговатые, супротивные, с пильчато-городчатыми краями, волосистые. Цветы красно-пурпуровые или фиолето-розовые, собраны в мутовки на верхушках стеблей, и образуют колосовидное соцветие. Цветет в июле—августе. Плод — черный, округлый орешек.
Растет на берегах рек, ручьев, на болотистых лугах, у болот. Наиболее часто встречается у Байкала, в Восточном Саяне.
Лекарственным сырьем является трава в стадии цветения. Растение содержит алкалоиды, смолы, дубильные вещества, смолистые, антециановые соединения, аскорбиновую и др. органические кислоты и алкалоиды.
В научной медицине спиртовую настойку чистеца байкальского используют как хорошее гипотензивное и седативное средство при лечении гипертонии, действующее вдвое сильнее, чем препарат пустырника. Настойку назначают по чайной ложке 2—3 раза в день, разведенной в четверти стакана воды.
В народной медицине чистец применяют как эффективное средство, успокаивающее центральную нервную систему и понижающее давление крови. Препараты из этого растения действуют в 2 раза сильнее, чем препараты из пустырника. 20%-я настойка травы по 20 капель 3 раза в день перед едой — наблюдается ясное седативное действие препарата. При гипертонической болезни отмечается улучшение субъективных ощущений и понижение кровяного давления (преимущественно максимального). Кроме того, чистец применяют при кашле, слабости родовой деятельности. Настой корней применяют как слабительное и рвотное средство. Наружно: настой травы — для лечения ран и различных кожных заболеваний.